Di Indonesia, UNHCR sudah beroperasi sejak tahun 1979, ketika Pemerintah Indonesia meminta bantuan UNHCR dalam membangun kamp pengungsian di Pulau Galang, untuk menampung lebih dari 170,000 pengungsi yang melarikan diri dari konflik di Asia Tenggara.
Indonesia belum menjadi Negara Pihak dari Konvensi 1951 tentang Status Pengungsi dan Protokol 1967, serta belum memiliki sebuah sistem penentuan status pengungsi.
Rencana Aksi Komprehensive (The Comprehensive Plan of Action /CPA), yang diadopsi pada 14 Juni 1989 oleh Negara Pihak Konferensi Internasional tentang Pengungsi Indo-Cina, memberikan UNHCR tanggungjawab spesifik dalam penanganan kedatangan pengungsi Indo-Cina dan pencarian solusi permanen bagi mereka.
Sejak penutupan kamp pengungsian Galang pada tahun 1996, UNHCR tetap melanjutkan bantuannya bagi Pemerintah Indonesia dalam memberikan kebutuhan pengungsi akan perlindungan internasional. Dengan demikian, Pemerintah memberikan kewenangan kepada UNHCR untuk menjalankan mandat perlindungan pengungsi dan untuk menangani permasalahan pengungsi di Indonesia.
Pada akhir tahun 2016, Presiden Republik Indonesia menandatangani Peraturan Presiden mengenai Penanganan Pengungsi dari Luar Negeri. Peraturan tersebut mencakup definisi-definisi kunci dan mengatur aspek deteksi, penampungan, dan perlindungan bagi pencari suaka dan pengungsi. Ketentuan-ketentuan dalam Peraturan Presiden diharapkan akan segera diterapkan, memperkuat kerjasama antara Pemerintah Indonesia dan UNHCR, termasuk dalam registrasi bersama untuk pencari suaka.
